Nakon Prvog svetskog rata, vladika Nikolaj izabran je za episkopa žičkog 1919. godine, međutim tu se nije dugo zadržao. Već naredne 1920. godine, Nikolaja šalju u Ohridsku mitropoliju, gde nastaje jedno od njegovih možda i najpoznatijih dela Molitve na jezeru. Srpska pravoslavna crkva smatrala je da će monah takvih karakteristika, privući vernike u zabačenoj eparhiji u kojoj je bilo jedva nekoliko sveštenika, uglavnom polupismenih.
Tih godina često obilaze Svetu goru, ali ponovo putuje po svetu, lobirajući za Srbiju, jer je nakon govora 1916. godine, koji je preneo čitav svet, vladika Nikolaj postao duhovnik o kome se govorilo širom planete. Put ga je ponovo odveo u Ameriku.

Kada ga je jedan crnački sveštenik pozvao da govori u njihovoj crkvi, verovatno je i sam Nikolaj bio iznenađen tolikom pažnjom, međutim kada je trebalo da govori, u crkvu su ušli učenici tamošnje teološke škole, noseći srpsku i američku zastavu, dok ga je sveštenik predstavio kao sina junačke, male i hrabre Srbije koja je poznata čitavom svetu. Njegov govor, ispratio je crnački hor, izvodeći srpsku himnu Bože pravde.

No, vladika Nikolaj drži niz veoma zapaženih predavanja širom Amerike, potom putuje u Englesku, posvećujući se misionarskom radu, pa od crkve traži da ga razreši episkopskog položaja. SPC nije bila istog mišljenja, pa se vladika vraća u Ohrid. U tim trenucima dolazi do velike promene u njegovom životu. Postaje asketa, molitvenik, pustinjak, mistični sveštenik na obodu eparhije. “Kada bih bio potok planinski, ne bih mislio o putu kojim idem, nego o jezeru koje me čeka” govorio je i pisao episkop Nikolaj.

Postoji jedna anegdota, koja se decenijama pričala u eparhiji, a vezana je za posetu kralja Aleksandra manastiru u Ohridu. Unapred, kralj je tražio da se za ručak pripremi pečeno prase, kako bi nakon obilaska manastira ručao. Poseta kralja bila je upriličena tokom posta, a vladika Nikolaj nije želeo da dozvoli greh u manastiru. Međutim, kako kralju ne ispuniti želju.

Kada je monah, tokom razgovora kralja i vladike, u prostoriju uneo prase, vladika Nikolaj je prase bacio kroz prozor u jezero, obrativši se monahu sa rečima “Zar da nam u sred posta ogrešiš pravednog kralja.”

Tokom svoje službe u Ohridu, vladika Nikolaj obnavlja razrušeno i razoreno groblje nemačkih vojnika iz Prvog svetskog rata, jer za Srbe mrtav čovek više nije neprijatelj, nailazeći na čest otpor tadašnjih kritičara. Mirno, kao što je sve u životu radio, Nikolaj govori o praštanju kao najvećoj hrišćanskoj vrlini, što se kasnije odražava, a čak i danas, na stav pojedinih kritičara o njegovom radu. Naime, zbog obnove nemačkog vojnog groblja, vladiku Nikolaja odlikuje niko drugi do vođa nemačkog rajha Adolf Hitler. Kasnije, u budućnosti, pristalice takozvane druge Srbije, velikog vladiku optuživaće za saradnju sa okupatorom, čak i nacizam, iako uopšte nije bio blizak takvim idejama.
“Lako je naučiti životinju, lako je naučiti prostaka, ali teško je naučiti onoga ko je nenaučen postao učitelj drugima,” reći će Nikolaj.
Naprotiv, pre bi se moglo reći da je vladika bio toliko veliki da ni sam Hitler nije mogao da mu ospori veličinu, pa je našao dostojan način da mu se oduži za hrišćanski gest.

Takođe, Nikolaj je pratio sudbinu nemačkih hrišćana koje je Hitler progonio, pa je, prvi u Srbiji, pisao o pastiru Nimeleru koji se “hrabro borio za luteransku crkvu protiv nemačkih diktatora” i zato zatočen u logor. U tom periodu, vladika piše o zlu koje ubija tadašnji svet, stavljajući u prvi plan naciste, potom Marksa, Darvina i Ničea, čiji je možda i najveći kritičar u istoriji, potkrepljujući argumentima neistinitost njihovih tvrdnji.

Posebnu pažnju u svom radu posvećuje Šekspiru i Dostojevskom, za koje smatra da su najbolji među najboljima, dok je Ničeove priče o Nadčoveku argumentovao svojim čuvenim delom o Svečoveku.

Interesantno je da je Nikolaj Velimirović bio veliki protivnik Trojnog pakta. Podržao je pučiste tokom martovskih demonstracija, a odmah nakon okupacije Nemačke, stavljen je pod prismotru.

“Nikolaj je tip lukavog, brutalnog i tupog Balkanca, koji je kao crkveni političar najvažniji. Njegov uticaj među narodom i među sveštenicima, koji su u velikoj većini na njegovoj strani, veoma je značajan.” Ustaški “Hrvatski narod” je 7. maja 1941. objavio tekst u kome je Nikolaj predstavljen kao “crnorukac” i “engleski agent”.
Ovaj komentar pronađen je u izveštaju nemačke vojske nakon prvog pretresa manastira Žiča, u kome je Nikolaj živeo na početku nemačke okupacije i daje jasan dokaz da nije bio omiljen kod nacista.

Zajedno sa patrijarhom Gavrilom, vladika Nikolaj je uhapšen i prebačen u logor Dahau. Po pisanjima, ali i memoarima patrijarha, prema njima su se ponašali nečovečno, davali im supu od repe koja je imala ukus zemlje, dok je vladika Nikolaj teško povredio koleno, ali je doktor namerno došao tek šest sati kasnije. Međutim, zahvaljujući Milanu Nediću, Nemci oslobađaju patrijarha Gavrila i vladiku Nikolaja, gde su se u jednom periodu zadržali u Sloveniji, ali se Nikolaj nikada nije vratio u Srbiju, za razliku od patrijarha.

Pošto je bio osvedočeni borac protiv nacizma i komunizma, shvata da bi povratak u Srbiju verovatno značio smrt i dodatna poniženja, pa preko Austrije odlazi u Ameriku, gde nastavlja duhovni i misionarski rad.

U Americi je predavao na bogoslovskom fakultetu, kao i na ruskim fakultetima, a preminuo je u Libertvilu 1956. godine, gde je i sahranjen, na istom groblju gde i pesnik Jovan Dučić. Na dan njegove smrti, američki kongres je minutom ćutanja odao poštu najvećem Srbinu posle Svetog Save.
Tokom komunističkog perioda, dela vladike Nikolaja bila su zabranjena, dok su mnogi njegovi zapisi, koje danas čitamo, čuvani u tajnosti u inostranstvu, jer je komunistička vlast želela da ih uništi.

Zahvaljujući radu vladike Lavrentija, danas episkopa Šabačkog, sačuvan je i objavljen veliki broj dela jednog od najvećih srpskih duhovnika.
Prenos njegovih moštiju iz Libertvila u rodni Lelić dogodio se 1991. godine, a kanonizovan je u maju 2003. godine.

Danas, kada je, Bogu hvala, rad svetog vladike Nikolaja dostupan, treba se setiti njegovih reči u teškim trenucima, koji predstavljaju vodilju i melem za sadašnje i buduće generacije.

“Ne kukaj, ako te zaboli od Njegovog mača. On je lekar dobri, iseca iz tebe samo ono sto nisi ti. Ono što te bude bolelo, to nisi ti, dušo moja”.

Slaviša Pavlović